Habib Husin dari trah ibunya, Syarifah Hikmah Alhinduan salah satu keluarga dari Bani Syarqawi pemilik Pondok Pesantren Annuqoyah Guluk-guluk.
Ibu dari Habib Husin Shihab adalah seorang ibu rumah tangga yang taat kepada suami dan menjadi guru mengaji bagi anak-anaknya seperti masyarakat Madura yang mengajarkan sunnah nabi sebagai tradisi mendidik anak-anaknya.
Setelah kelahiran, ayahnya membawa Habib Husin untuk tinggal di Kota Sumenep.
Habib Husin Shihab dibesarkan dikalangan keluarga yang memiliki ketertarikan pada dunia politik, ayahnya pada zaman orde baru banyak mengkritisi kebijakan Soeharto.***