Alhasil, Muchdi Purwopranjono harus diberhentikan dari jabatan barunya selama 52 hari. Hal itu menyebabkan Muchdi menjadi tidak menyukai Munir.
Pada 27 Maret 2003, Muchdi diangkat menjadi Kepala Badan Intelijen Negara (BIN) Deputi V.
Bjorka mengklaim bahwa posisi tersebut membuka banyak peluang untuk menghentikan aktivitas Munir yang dianggap telah merugikan Muchdi.
"A position that opens up many opportunities to stop the activities of the victim of the late Munir that has harmed the defendant (Posisi yang membuka banyak peluang untuk menghentikan aktivitas korban Munir yang telah merugikan terdakwa)," kata Bjorka.
Muchdi disebut menggunakan jaringan non-organik BIN yakni Pollycarpus Budihari Priyanto sebagai pilot PT Garuda Indonesia Airways untuk membunuh Munir.
Saat itu, diketahui Munir akan terbang ke Belanda menggunakan Garuda Indonesia untuk studi lanjut.
Pollycarpus membuat surat rekomendasi kepada PT Garuda Indonesia Airways untuk ditempatkan di bidang Corporate Security.
Hal itu pun sempat ditanyakan oleh Budi Santoso untuk apa dirinya ditempatkan pada bagian tersebut.
Pollycarpus sebenarnya tidak menjelaskan maksud aslinya, namun beberapa hari kemudian ia memutuskan untuk berterus terang bahwa dirinya mendapat tugas dari Muchdi untuk membunuh Munir.