Hingga kini Jeje Zaenudin telah menulis 11 buku, di antaranya: Amerika Diambang Kehancuran; Politik Hukum Islam: Konsep, Teori, dan Praktiknya di Indonesia; Panduan Puasa Ramadhan, Lailatul Qadar, Iktikaf, dan Mudik Lebaran; Fikih Dakwah Jam'iyyah: Jam'iyyah Bukan Bi'ah; Akar Konflik Umat Islam; Memilah Hak dan Bathil; Risalah Cinta; Risalah Hati; Risalah Harta; Kontribusi dalam bunga rampai Pemikiran Hukum Islam; dan Metode Penegakkan Hukum Islam di Indonesia.***