Peringkat ke-3 diberikan kepada Kota Manado karena penilaian salah satunya, Kota Manado memiliki arah jelas ihwal penguatan toleransi dalam Rancangan Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD). Termasuk tindakan nyata dari pemerintah daerahnya.
4. Kota Tomohon
Pada IKT 2020, Kota Tomohon menempati posisi ke-4 sebagai kota dengan skor toleransi tertinggi keempat yakni, skor 6,183
Baca Juga: Susul Omid Nazari, Ghozali Siregar Mundur dari Persib Bandung, Begini Komentar Bobotoh
Dibandingkan IKT 2018, Kota Tomohon naik 4 peringkat dari urutan ke-8 pada IKT 2018.
5. Kota Kupang
IKT 2020, Kota Kupang menempati posisi ke-5 sebagai kota dengan skor toleransi tertinggi kelima dengan skor sekira 6,180.
Dibandingkan IKT 2018, Kota Kupang memiliki banyak kemajuan toleransi. Kota Kupang memiliki misi spesifik dalam peningkatan toleransi di wilayahnya, termasuk dengan komitmen pemerintahnya yang terbukti dengan mengeluarkan kebijakan-kebijakan yang mendukung peningkatan toleransi.
6. Kota Surabaya